Название «Якорная» закрепилось за площадью с середины XVIII века, когда на этом месте организовали склад якорей с предназначенных на слом судов. С южной стороны площадь ограничена оврагом Петровского дока, с северной - Обводным каналом, с западной - оградой Адмиралтейства с памятными досками и уникальной чугунной мостовой.
В 1858 году управляющий Кронштадтским Пароходным заводом инженер А. С. Соколов во время пребывания в США заинтересовался чугунными мостовыми, изготовленными по проекту инженера Кнаппа в Нью-Йорке и Бостоне. По привезенным из Америки образцам на Пароходном заводе сделали пробные отливки и замостили участок двора. В 1860 г. генерал-адмирал Великий князь Константин Николаевич приказал устроить подобную чугунную мостовую на одной из улиц с оживленным движением. В 1862 г. были оборудованы еще несколько мостовых, которые успешно эксплуатировались более 100 лет - благодаря своей прочности они оказались экономически выгодными. В 1974 - 1975 гг. участок чугунной мостовой вдоль Якорной площади был восстановлен и стал одной из достопримечательностей города.
На площадь ведут три моста - Советский, рядом с которым находится мемориал, посвященный линкору "Октябрьская революция, Макаровский, торжественно открытый в один день с памятником С. О. Макарову, и Верхний Доковый, являющийся продолжением Коммунистической улицы. Под Верхним Доковым мостом проходит труба, по которой вода из Петровского дока самотеком сливалась сначала в овраг, а затем в бассейн с каменными откосами. Длина бассейна - 267 метров, ширина - 162 метра. Раньше деревья и кусты прораставшие сквозь камни вырубали, для того, чтобы они не портили сооружение. Вода из бассейна откачивалась в залив - сначала ветряными насосами, а с 1774 года – одной из первых в России паровой машиной. Со временем Доковый овраг стал разрушаться, по инициативе С. О. Макарова 30 сентября 1901 года ученики гимназии и реального училища для укрепления склонов оврага посадили сто каштанов, тополей, лип и ясеней.
В 1903 - 1913 гг. по проекту архитектора В. А. Косякова на Якорной площади возвели главную доминанту города - Морской собор Св. Николая Чудотворца. Его высота вместе с крестом 70,6 метров. Собор является памятником погибшим морякам и выдающимся деятелям Российского флота. С постройкой Морского собора и установкой памятника С. О. Макарову Якорная площадь стала главной площадью города. С южной стороны собора до Докового оврага под руководством Э. Г. Гильбиха был разбит сад. Его план, эскизы ограды и фонарей разработал В. А. Косяков. 9 октября 1911 г. по инициативе военного губернатора вице-адмирала Р. Н. Вирена за Морским собором посадили деревья. В результате в центре города образовалась обширная зеленая зона, включавшая насаждения Докового оврага, Летний и Соборный сады. В 1913 г. в Соборном саду сделали большую клумбу в виде якоря из цветов и соорудили фонтан с фигурами лягушек и аиста.
В марте 1917 г. по решению Кронштадтского Совета на Якорной площади в братской могиле были перезахоронены останки расстрелянных в Кронштадте участников первой русской революции 1905 - 1906 гг. Здесь же погребены большевики и председатель Кронштадтского Совета М. И. Мартынов, погибшие во время подавления контрреволюционного мятежа на форту Красная Горка в июне 1919 г. Жертвы кронштадтского мятежа в марте 1921 г. тоже покоятся здесь. Первоначально над братской могилой стояло небольшое надгробие. В 1974 году по проекту архитектора А. К. Ларионовой установлен памятник в виде рассеченной пирамиды, в центре которой с 6 ноября 1980 г. горит вечный огонь.